@3C's Contabilidade Veja se existe um outro fornecedor para essas mercadorias serem compradas diretamente com o CNPJ da empresa. Pois seu cliente pode até se resguardar, mas ainda sim corre alguns riscos, como: Tributação na pessoa física do sócio, como se houvesse distribuição disfarçada de lucros (art. 74 da IN RFB nº 1.500/2014); Malha fina do IRPF do sócio, se os gastos declarados não forem compatíveis com a movimentação financeira ou patrimônio declarado.
Para de preservar seu cliente pode guardar toda essa documentação (pelo menos dos últimos 5 anos), as Notas de entradas em CPF junto com a Nota de entrada para o seu CNPJ além do comprovante de pagamento. Esse pagamento é recomendado que seja feito pela conta da empresa e anexado a essas duas Notas Fiscais, não é o correto a se fazer mas é uma alternativa para a situação atual. Mas se o sócio pagou a compra com recursos próprios, a empresa deve: Restituir o valor ao sócio, via conta corrente da empresa com documento suporte (como a própria nota e declaração de ressarcimento). Essa restituição não é rendimento tributável, desde que a comprovação fique clara na contabilidade da empresa.