Olá Joadson
O cartório só fará a retificação da área mediante:
Procedimento de Retificação Administrativa de Registro
Se houver divergência não aceita pelo cartório, o caminho será ação judicial de usucapião ou retificação de registro imobiliário com base no novo memorial descritivo, CAR, CCIR, confrontantes, etc.
Por isso, concordo em buscar um advogado para resolver a documentação desse imóvel rural.
Espero ter ajudado.