Bom dia, Graciela,
Sobre a sua dúvida, o ponto central é entender que o benefício fiscal aplicável a insumos agropecuários e a exigência do ICMS-ST são duas coisas distintas, e a análise de uma não se confunde com a da outra.
O Convênio ICMS 100/97, que reduz a base de cálculo do ICMS a ponto de equivaler a uma isenção para diversos insumos usados na agricultura e na pecuária, traz na sua cláusula primeira, inciso I, a seguinte redação: estão contemplados os inseticidas, fungicidas, herbicidas, vacinas, soros e medicamentos, produzidos para uso na agricultura e na pecuária, vedada a aplicação do benefício quando dada ao produto destinação diversa. Repare que o texto fala em vacinas, soros e medicamentos, ou seja, no próprio insumo biológico ou farmacológico que será aplicado no animal. A pistola automática de vacinação é um instrumento, um aparelho mecânico usado para aplicar a vacina, e não a vacina em si. Por essa razão, ela não se enquadra na descrição do benefício do Convênio 100/97, ainda que seja usada exclusivamente em atividade pecuária e destinada a produtor rural.
Isso significa que a orientação recebida da consultoria, ao menos com base nesse convênio, não parece correta. Não localizamos, na legislação que rege os insumos agropecuários, nenhuma hipótese de isenção, não incidência ou dispensa de recolhimento que alcance especificamente instrumentos de aplicação veterinária como pistolas ou seringas automáticas, mesmo quando a mercadoria será revendida a produtores rurais. A destinação ao produtor rural, isoladamente, não gera isenção de ICMS-ST se o produto não estiver listado em algum convênio ou protocolo que conceda o benefício, e não é o caso aqui.
Quanto à obrigatoriedade da regularização, o raciocínio segue a lógica geral da substituição tributária. Quando um produto está enquadrado em CEST e sujeito ao regime de substituição tributária nas operações interestaduais, cabe ao remetente, substituto tributário, reter e recolher o ICMS-ST em favor do Estado de destino. Quando isso não ocorre, seja por erro do fornecedor, seja por entendimento equivocado sobre isenção, a responsabilidade pelo recolhimento do imposto passa a ser do destinatário localizado no Rio Grande do Sul, que deve regularizar o imposto por ocasião da entrada da mercadoria no território gaúcho. Essa é justamente a sistemática que vocês já vêm aplicando, e que se mantém correta diante da ausência de isenção para o instrumento em questão.
Dessa forma, considerando que a pistola de vacinação classificada na NCM 9018.31.90 e no CEST 13.014.00 não é abrangida pela isenção do Convênio ICMS 100/97, que se restringe a vacinas, soros e medicamentos, a regularização do ICMS-ST na entrada continua sendo devida nessas aquisições, mesmo com a revenda posterior a produtores rurais. Diante da divergência de entendimento com a consultoria contratada, recomendamos que, se a empresa quiser uma posição vinculante e definitiva sobre o caso concreto, formalize uma consulta tributária junto à Receita Estadual do Rio Grande do Sul, apresentando a descrição exata do produto, a NCM e o CEST utilizados, para obter resposta específica e sem risco de autuação futura.