Bom dia, Deilson,
Vou tentar esclarecer os dois pontos que você trouxe, porque eles realmente têm bastante impacto na estruturação fiscal desse tipo de negócio.
Sobre a necessidade de CNPJ separado, não existe obrigatoriedade legal de abrir um CNPJ novo para o restaurante funcionar dentro do supermercado. É perfeitamente possível operar as duas atividades no mesmo CNPJ, incluindo a atividade de restaurante como CNAE secundário junto à atividade principal de comércio varejista de alimentos. Isso funciona porque, para fins de tributação, a legislação equipara o fornecimento de alimentação preparada, como restaurantes, bares, lanchonetes e similares, a uma operação de circulação de mercadoria, sujeita a ICMS, e não a uma prestação de serviço sujeita a ISS. Essa equiparação está prevista na Lei Complementar 123/2006 para quem está no Simples Nacional, e também é a orientação seguida por quem apura pelo Lucro Presumido, onde restaurantes utilizam o percentual de presunção de 8% para IRPJ e 12% para CSLL, os mesmos percentuais do comércio, e não os percentuais mais altos aplicados a serviços em geral.
Dessa forma, dentro do Simples Nacional, tanto a receita do supermercado quanto a receita do restaurante acabam sendo tributadas pelo Anexo I, o que facilita bastante manter as duas atividades sob o mesmo CNPJ, sem gerar distorção na apuração do PGDAS.
Ainda assim, existem boas razões práticas para considerar um CNPJ separado, ou pelo menos uma inscrição estadual e um alvará específicos, mesmo que a personalidade jurídica continue única. Entre elas está o fato de que a vigilância sanitária normalmente exige um alvará próprio para atividade de preparo e fornecimento de alimentos, distinto do alvará do comércio varejista. Também vale considerar que o controle de custos, estoque e resultado do restaurante fica muito mais organizado quando segregado, o que ajuda a enxergar a rentabilidade real dessa operação dentro do supermercado. E se um dia vocês decidirem franquear o modelo de restaurante ou vender essa unidade separadamente do supermercado, ter a estrutura já segregada facilita bastante. Então a decisão entre usar o mesmo CNPJ ou abrir um novo tende a ser mais estratégica e operacional do que estritamente fiscal.
Quanto às notas de entrada, o ponto central da sua dúvida é a classificação do CFOP das mercadorias adquiridas para uso no restaurante, e não a existência de um documento fiscal separado para industrialização. Não existe uma nota fiscal específica de industrialização que precise ser emitida à parte só porque o insumo vai ser transformado em um prato preparado. O que existe é a necessidade de classificar corretamente, no momento da entrada, se aquela mercadoria está sendo adquirida como insumo de produção, ou seja, para ser transformada em outro produto, que é o alimento preparado que será vendido, ou se está sendo adquirida apenas para revenda, sem qualquer transformação.
Na prática, isso significa que insumos como carnes, hortifrutigranjeiros, temperos e demais itens que vão compor os pratos preparados devem entrar com CFOP de compra para industrialização ou produção, normalmente 1.101 ou 2.101, dependendo se a compra é dentro ou fora do estado. Já produtos que são revendidos sem qualquer alteração, como refrigerantes, águas ou sobremesas industrializadas compradas prontas, devem entrar com CFOP de compra para comercialização, geralmente 1.102 ou 2.102.
Essa distinção importa bastante para o controle de estoque e principalmente para o tratamento do ICMS-ST, porque, na maioria dos estados, quando a mercadoria é adquirida como insumo para fabricar um novo produto, a cadeia de substituição tributária é rompida, sendo possível em muitos casos recuperar o ICMS-ST pago anteriormente na aquisição. Já quando a mercadoria é revendida no mesmo estado em que foi tributada por substituição, geralmente não há nova apuração de ICMS na venda, porque o imposto já foi recolhido antecipadamente pelo substituto. Como essas regras variam bastante de estado para estado, o ideal é confirmar com a SEFAZ do estado de vocês, ou com o contador responsável pela apuração, como está estruturada a substituição tributária para os insumos específicos que serão utilizados, porque isso influencia diretamente a forma correta de escrituração das entradas e o aproveitamento de créditos.
Resumindo, o CNPJ pode continuar sendo o mesmo, desde que a atividade de restaurante seja incluída como CNAE secundário e que o alvará sanitário específico seja providenciado, e as notas de entrada não precisam de uma modalidade separada de industrialização, mas sim da correta classificação de CFOP conforme o insumo seja destinado à produção ou à simples revenda.