Boa tarde, colega!
Ao meu entender, sim deveria ter havido a retenção de INSS na fonte caso tenha presatdo serviço a uma PJ, no entando, mesmo não havendo a retenção na fonte, isso não exime a prestadora de serviços de recolher o INSS sobre o rendimento.
Autonomos como é o caso, podem recolher INSS de 11% ou 20% (Sugiro verificar cada peculiaridade). As guias podem ser geradas no site SAL da previdencia social.
SAL (https://sal.rfb.gov.br/PortalSalInternet/faces/pages/index.xhtml)