Olá Thiago, bom dia.
Quando uma empresa excede o sublimite do Simples Nacional, ela deve recolher o ISS pela alíquota estabelecida pelo município. No caso de prestação de serviços para a Prefeitura do mesmo município onde a empresa está sediada, a retenção do ISS pode ser feita diretamente na Nota Fiscal de Serviços Eletrônica (NFS-e).
A retenção do ISS pelo tomador do serviço (no caso, a Prefeitura) é uma prática comum e está prevista na legislação municipal. Isso significa que a Prefeitura pode reter o valor do ISS diretamente na NFS-e e repassar o imposto ao município.
Espero ter ajudado