Olá Joyce.
Não há pagamento em duplicidade. O ISS incide em cada relação contratual (Prefeitura - Empresa A e Empresa A - Empresa B). O que parece “um serviço só” na prática são duas prestações distintas, cada uma tributada conforme a lei municipal com incidência em cada etapa da cadeia de prestação de serviços.
O que precisa verificar, é a legislação municipal, se o serviço requer retenção mesmo.
Espero ter ajudado