Olá Juliana, tudo bem?
A Lei é uma norma criada pelo Congresso Nacional, aprovada e sancionada pelo Presidente da República. Ela tem força maior e cria as regras gerais que todos devem seguir.
Já a IN – Instrução Normativa é um ato da Receita Federal que serve para regulamentar e detalhar como aplicar a lei na prática, explicando os procedimentos. Então, a lei manda, e a IN orienta como cumprir aquilo que a lei determinou.
No caso da sua dúvida:
A Lei 10.833/2003 estabeleceu a regra geral de retenção unificada de IRPJ, CSLL, PIS e Cofins quando a empresa de serviços presta para pessoa jurídica de direito privado.
A IN RFB 1.234/2012 regulamentou a aplicação dessa retenção quando a contratante é um órgão público federal, trazendo os percentuais e a forma de recolhimento específicos.
Por isso existe a diferença de alíquotas: a lei trouxe a base geral, e a IN detalhou os casos específicos do setor público.
Ainda sobre retenções na fonte:
Se o tomador for órgão público estadual e municipal: aplica-se o IRRF conforme IN 1.234/2012 e a CSRF conforme IN 475/2004.
Espero ter ajudado!