Olá Sabrina
Quando a prefeitura passa a usar o Portal Nacional da NFS-e, isso não muda a regra da retenção do ISS. A regra continua sendo definida pela lei do município.
Se o município usar o Portal Nacional para tudo, o tomador (quem contrata o serviço) vai ter que:
acessar o Portal Nacional,
registrar a retenção,
e gerar a guia de ISS por lá.
Mas se o município só usar o padrão nacional para emissão das notas, e continua com seu próprio sistema, o tomador continua gerando a guia no site da prefeitura, como já fazia antes.
Espero ter ajudado.