Olá Julia, tudo bem?
Em relação à retenção de COFINS, a isenção só se aplica às receitas das atividades próprias da entidade sem fins lucrativos, ou seja, aquelas provenientes de contribuições, doações, mensalidades ou anuidades recebidas de associados ou mantenedores, sem contraprestação direta, conforme art. 23, §1º da IN RFB nº 1.911/2019.
Quando a entidade presta serviços a terceiros, e essa receita não está relacionada às suas atividades próprias previstas no estatuto, ela perde a isenção e fica sujeita à tributação e à retenção da COFINS (3%).
Assim, se o serviço prestado não for uma atividade estatutária da entidade, deve-se informar a retenção de 3% de COFINS na nota fiscal, se o serviço estiver entre os sujeitos à retenção.
O tomador deve:
Informar a retenção na EFD-Reinf;
Apurar o valor na DCTFWeb;
Recolher o DARF correspondente à retenção.
Espero ter ajudado!