Olá Sabrina
Quando você transmite a DCTFWeb com valores retificados e importados do MIT, o sistema automaticamente substitui os valores anteriores e gera a nova consolidação da dívida. Com isso, não é necessário refazer manualmente a marcação das quotas e clicar novamente em “Calcular quotas” como na transmissão original, pois a DCTFWeb retificada irá recalcular os débitos com base nos novos valores apurados no MIT.
O que deve ser feito é apenas gerar o DARF/DCTFWeb com os valores atualizados. Como já houve pagamento a maior, caberá compensação (via PER/DCOMP Web) ou pedido de restituição do valor excedente.
Espero ter ajudado.