Boa tarde, Antonio,
Essa é uma dúvida bastante comum entre prestadores de serviço que atendem clientes fora do município da sede, então vale esclarecer com calma a lógica por trás da regra.
A definição de qual município tem direito ao ISS não depende de onde o cliente está localizado, e sim de onde a legislação determina que o serviço se considera prestado para fins de incidência do imposto. Essa definição está na Lei Complementar 116/2003, no artigo 3º. A regra geral, prevista no caput desse artigo, é que o ISS é devido no município onde está localizado o estabelecimento do prestador. A exceção a essa regra só existe para os serviços listados taxativamente nos incisos do próprio artigo 3º, que abrangem principalmente construção civil, limpeza, vigilância, transporte, exploração de rodovias, diversões públicas, entre outros.
Os serviços médicos, enquadrados no subitem 4.01 da lista anexa à LC 116/2003, não constam entre essas exceções. Isso significa que, para esse tipo de atividade, prevalece a regra geral do caput: o ISS é devido no município onde está o estabelecimento prestador, independentemente de o serviço ter sido executado fisicamente nas dependências do hospital tomador, em outro município.
Aplicando isso ao seu exemplo, tanto a receita de dez mil reais referente aos serviços prestados no Rio de Janeiro quanto a receita de dez mil reais referente aos serviços prestados dentro do hospital em Duque de Caxias devem ser tributadas como devidas ao Rio de Janeiro, que é o município do estabelecimento da empresa médica. Não há, portanto, necessidade de segregar essas receitas no PGDAS-D em função do município de execução, já que a integralidade do valor segue a regra geral e é recolhida para o mesmo município.
Existe, porém, um ponto prático que merece atenção e que costuma gerar confusão nesse tipo de situação. Alguns municípios, com base em legislação própria, exigem que o tomador do serviço retenha o ISS na fonte sempre que o serviço for executado dentro do seu território, independentemente do que estabelece a LC 116/2003 sobre o local de incidência. Se a legislação de Duque de Caxias tiver esse tipo de exigência e o hospital efetivamente retiver o ISS relativo aos serviços prestados em suas dependências, a empresa pode acabar em uma situação de bitributação, com o valor sendo recolhido tanto para Duque de Caxias, por retenção, quanto para o Rio de Janeiro, dentro do DAS do Simples Nacional.
Nesse cenário, é importante verificar junto ao hospital se há retenção de ISS sendo feita e, em caso positivo, consultar a legislação municipal de Duque de Caxias para confirmar a exigência. Se houver retenção, o PGDAS-D permite informar a receita como sujeita à retenção, indicando o município para o qual o imposto foi retido, o que evita que o mesmo valor seja cobrado duas vezes. Essa segregação, portanto, não decorre da regra de incidência propriamente dita, mas sim da existência ou não de retenção pelo tomador, e por isso vale confirmar essa informação diretamente com o hospital antes de fechar a apuração.