Olá Thayná
Caso do seu cliente é complexo mas ao mesmo tempo comum, acontece muito. O que posso lhe dizer é que na maioria dos casos, o transportador subcontratado não precisa emitir o CT-e, mas isso dependendo da legislação Estadual.
Recomendo que mesmo existindo a legislação que desobrigue a emissão, você oriente a seu cliente a emitir seus próprios CTe, assim a empresa dele terá a comprovação de receita, além de maior transparência fiscal, controle adequado das operações terceirizadas e redução de riscos em fiscalizações.
O SPED ICMS/IPI é obrigatório para transportadoras enquadradas fora do Simples Nacional, se entregar “sem movimento” é um risco pois há receita de transporte. Se não houver nenhum documento emitido, na prática, o SPED será zerado, mas isso não elimina o risco fiscal, pois a movimentação financeira mostra receita.
Espero ter ajudado.