Olá Janesa
O erro ocorre porque MEI não é natureza jurídica, e sim apenas um regime especial aplicado ao Empresário Individual. Com o desenquadramento do MEI, o seu cliente continua sendo Empresário Individual (natureza jurídica 213-5), exatamente como já consta no CNPJ, apenas deixa de ser MEI. Portanto, não existe alteração de natureza jurídica a ser feita na Junta Comercial, e por isso o sistema retorna a mensagem de que você está tentando alterar para a mesma natureza já existente.
O evento 225 – Alteração da Natureza Jurídica foi incluído indevidamente. Nesse caso, deve ser feito registro na Junta Comercial como: a mudança do nome empresarial (evento 220),e se precisar atualizar endereço, atividades ou capital.
Espero ter ajudado.