Olá Sheila, tudo bem?
Na prática, ter PIS e COFINS diferidos significa que o imposto não é pago na emissão da nota fiscal, mas sim no momento em que a empresa recebe o pagamento. Ou seja, o fato gerador fica postergado para a data do recebimento do valor do contrato.
Esse tratamento é aplicado em contratos de empreitada ou fornecimento a preço predeterminado firmados com entes públicos, evitando que a empresa tenha que recolher PIS e COFINS antes de efetivamente receber pela obra ou serviço.
Espero ter ajudado.