Olá Sheila
Só há dedução quando o material é do prestador e vira parte da obra.
Empreitada (total ou parcial):
Pode deduzir os materiais - Porque o prestador executa a obra e fornece os materiais.
Contrato de Administração:
Não pode deduzir - Porque o prestador não fornece materiais, apenas administra a obra. O ISS incide somente sobre a taxa de administração.
Espero ter ajudado.