Boa tarde, Camila
Sim, a empresa deveria ter sido tributada pelo Anexo V (15,50%), já que não teve folha de pagamento no primeiro mês. O fato de ser Empresário Individual não interfere na aplicação do Fator R.
O que determina o anexo correto é o cálculo do Fator R e a natureza da atividade.
Caso tenha sido tributada incorretamente pelo Anexo III (6%), o erro deve ser corrigido via retificação no PGDAS-D.