Olá Valderi, tudo bem?
Sobre a emissão de nota fiscal de saída, ela é responsabilidade do cliente, porque envolve operação comercial, logística e controle de estoque. Porém, nada impede que o contador ofereça esse serviço como algo adicional e cobrado à parte, se for do interesse de ambos.
Sobre a nota fiscal de entrada: sim, é possível lançar nota fiscal de entrada manual no ERP quando a compra é feita de pessoa física. Mas se a própria pessoa conseguir emitir a nota, melhor. Pode está verificando na prefeitura local essa possibilidade.
No caso do Simples Nacional, essas entradas ajudam a manter o controle do estoque e podem ser úteis para justificar futuras vendas. E sim, muitos produtos agropecuários são isentos de PIS e COFINS, mas é sempre bom verificar a NCM e a legislação para confirmar se há mesmo isenção.
Espero ter ajudado!