Olá Gustavo
O CNAE 6209-1/00 (serviços de TI) realmente é uma atividade intelectual, e por isso só pode ficar no Anexo III se atender ao Fator R (folha ≥ 28% da receita). Como o pró-labore foi mínimo, o correto seria a tributação pelo Anexo V nos meses anteriores.
Além disso, o cliente não presta serviços de TI, mas sim representação comercial, o que significa que o CNAE utilizado está incorreto.
CNAE recomendado: 46.19-2-00 - Representantes comerciais e agentes do comércio de mercadorias em geral não especializado
O que você pode fazer agora é corrigir o CNAE para a atividade real de representação comercial. Avaliar se vale a pena retificar o PGDAS (correto juridicamente) ou regularizar apenas daqui para frente (menor impacto, porém com algum risco) e verificar se o enquadramento no Simples Nacional é o mais recomendado para esse cliente.
Espero ter ajudado.