Olá Joan, tudo bem?
Geralmente as Sefaz consideram a data de emissão da nota para fins de recolhimento de imposto e fiscalização.
Então, indicaria você considerar a data em que a nota foi emitida.
Mas você também pode tentar contato na própria Sefaz para verificar se há a possibilidade de considerar pela data de entrada/recebimento da mercadoria…
Também pode ser orientado ao seu cliente, sempre solicitar ao fornecedor que envie antes as notas e xml por e-mail assim que for efetuada a compra para evitar que o imposto seja recolhido com juros e multa.
Espero ter ajudado!