Olá Sheila, tudo bem?
1- Não há problema em distribuir um valor inferior ao percentual mínimo previsto pelo artigo 5º da Lei 9.249/95 para empresas sem contabilidade. O que não pode é distribuir acima do limite legal sem respaldo contábil, porque isso poderia caracterizar distribuição de lucros sem base, gerando problemas com o fisco.
2- O que comprova a distribuição de lucros, na prática, são os extratos bancários e os registros de transferência para os sócios.
3 - Na Declaração de IRPF do sócio, deve-se informar os valores recebidos como lucros ou dividendos.
Se a empresa envia EFD-Reinf, os valores distribuídos também podem ser reportados lá, conforme o regime de tributação da empresa.
Porém, particularmente, não recomendaria fazer distribuição de lucros sem contabilidade. Todas as empresas, com exceção do MEI, são obrigadas a ter contabilidade regular. Então, se a empresa já vai manter a contabilidade, o mais seguro no meu entendimento é realizar a distribuição de lucros seguindo os percentuais legais e de acordo os resultados na contabilidade, garantindo respaldo e segurança fiscal.
Espero ter ajudado!