Olá Filipe
Quando o MEI se desenquadra e passa a ser ME/EPP no Simples Nacional, a folha de pagamento para fins do Fator R só considera valores que geram tributação previdenciária em DCTFWeb a partir do novo regime, ou seja, você não pode usar o salário mínimo presumido do MEI, tampouco o DAS-MEI (que contém INSS do empreendedor) como folha de pagamento para o Fator R.
A receita bruta usada no cálculo do Fator R é a receita TOTAL da empresa (últimos 12 meses), e não apenas a receita das atividades sujeitas ao Fator R.
Portanto, mesmo que a empresa tenha atividades que não dependam do Fator R (ex.: comércio), elas entram no denominador do cálculo.
Espero ter ajudado.