Olá Ana Paula, tudo bem?
Sim, a empresa do Lucro Presumido pode migrar para o Simples Nacional se atender aos requisitos da LC 123/2006: faturamento até R$ 4,8 milhões, CNAE permitido (indústria de mandioca em regra é Anexo II), regularidade fiscal e não estar nas vedações do art. 17. A opção é feita até o último dia útil de janeiro.
Sobre a “migração da folha”, não existe transferência automática entre CNPJs. Os empregados podem ir da empresa B para a C através de transferência sem desligamento, se as empresas fizerem parte do mesmo grupo econômico, com base nos arts. 2º §2º, 10 e 448 da CLT. Caso contrário, teria que rescindir os contratos e fazer nova admissão na empresa destino.
Espero ter ajudado.