Olá Matheus, boa noite.
Entendo a sua situação. Quando a solicitação para o Simples Nacional é recusada, geralmente é possível apresentar uma impugnação (contestação) se você não concorda com os motivos indicados no termo de indeferimento. A autoridade fiscal que negou o pedido emitirá o termo de indeferimento da opção do Simples Nacional. A impugnação deve ser apresentada para a respectiva autoridade fiscal que emitiu o termo.
Quanto à emissão de nota fiscal antes do enquadramento no Simples Nacional, existem algumas opiniões diferentes. Alguns profissionais sugerem que você pode emitir a nota fiscal como se fosse do Simples Nacional, pois caso não seja aceita a sua re-opção, basta emitir uma nota fiscal complementar para acertar. No entanto, é importante lembrar que a opção pelo Simples Nacional para empresas já constituídas se dá somente no mês de janeiro de cada ano. Desta forma, a pessoa jurídica somente poderá solicitar nova opção no ano seguinte, ficando este ano sujeita à apuração sob a sistemática do lucro presumido ou lucro real.
Espero ter ajudado!