Olá Rafaele
Independente se existe a cláusula de retenção do Imposto de renda, ele é devido no pagamento entre PJ a PF, está previsto na IN 1500/14, ART. 22.
Apesar do pagamento ser realizado por um terceiro, a esposa do sócio da empresa, é a empresa que paga essa despesa e é ela que está no contrato, por isso, existe a retenção na fonte.
Não entendi o motivo de realizar a transferência para a esposa para depois pagar o aluguel, o correto seria pagar diretamente ao dono do estabelecimento.
Espero ter ajudado.