Boa tarde, Amanda,
Vou tentar esclarecer a situação, porque ela envolve uma confusão bem comum entre o registro na Junta Comercial e o cadastro municipal, que são coisas completamente diferentes e não conversam automaticamente entre si.
Primeiro ponto importante: a Taxa de Licença e Funcionamento é um tributo municipal, cobrado com base no cadastro mobiliário da prefeitura, e não no registro societário da JUCEPAR. Quando você altera o contrato social e registra essa alteração na Junta Comercial, isso vale para efeitos societários e para o CNPJ perante a Receita Federal, mas não atualiza automaticamente o cadastro que a prefeitura mantém para fins de cobrança de tributos municipais. Mesmo com a integração da Redesim, muitos municípios ainda dependem de uma comunicação ou atualização específica junto à Secretaria de Finanças ou órgão equivalente para que o cadastro mobiliário reflita a nova situação. Por isso é perfeitamente possível que a prefeitura continue com um cadastro desatualizado, mesmo depois de anos de alterações formalizadas na Junta.
Isso explica, ao menos em parte, por que você recebeu cobranças relacionadas ao endereço antigo, na Rua Pioneiro, mesmo já tendo alterado o endereço para José Peres desde julho de 2022.
Sobre os dois cadastros que você mencionou, é preciso investigar com calma junto à prefeitura, porque parece ter havido um erro ou duplicidade no sistema municipal. Pelo que você descreveu, existe um cadastro vinculado ao CNPJ atual (hoje MEI), com dados desatualizados, e outro vinculado ao seu CPF, com dados referentes à época da sociedade limitada unipessoal. Como a Sociedade Limitada Unipessoal e depois o Empresário Individual são registrados com CNPJ próprio, e não diretamente no CPF, esse segundo cadastro pode ser um erro de vinculação do próprio sistema da prefeitura, ou um cadastro criado incorretamente na época, associando a atividade ao CPF do sócio administrador em vez de ao CNPJ da empresa. Isso precisa ser verificado diretamente com o setor de tributos mobiliários do município, apresentando o histórico de alterações contratuais registradas na JUCEPAR para comprovar qual é a real situação da empresa em cada período.
Quanto à pergunta central, sim, o município pode cobrar a taxa mesmo depois das alterações contratuais, principalmente se o cadastro dele não foi atualizado. A cobrança em si não é automaticamente ilegítima só porque existiram alterações na Junta Comercial, mas ela pode e deve ser contestada quando os dados usados para o cálculo, como endereço e atividade, não correspondem à realidade da empresa naquele período. O caminho correto aqui é abrir um processo administrativo junto à prefeitura, apresentando as alterações contratuais e pedindo a retificação do cadastro mobiliário e o recálculo ou cancelamento das cobranças feitas com base em informação desatualizada. Vale também pedir formalmente a baixa do cadastro vinculado ao endereço antigo, já que a empresa não está mais lá desde 2022, e verificar se o cadastro vinculado ao CPF realmente tem alguma correspondência com a empresa ou se é um erro a ser corrigido ou excluído.
Um ponto que também merece atenção é a situação atual como MEI. Desde janeiro de 2024, dependendo da classificação de risco das atividades exercidas no seu município, pode existir dispensa de alvará e, em alguns casos, também de taxas de funcionamento, com base na Lei de Liberdade Econômica e nas normas do Comitê Gestor do Simples Nacional voltadas a atividades de baixo risco. Isso não é automático em todos os municípios e depende da legislação local ter aderido a essa dispensa e ter classificado as atividades de comércio varejista de vestuário e de serviços de malote dentro dessa categoria. Vale a pena verificar isso diretamente na prefeitura ou no portal de licenciamento municipal, porque, se as atividades forem enquadradas como baixo risco, a cobrança referente ao período em que você já era MEI pode ser indevida.
Por fim, sobre o período cobrado, de 2022 a 2026, ele ainda está dentro do prazo prescricional de cinco anos geralmente aplicável aos créditos tributários municipais, então não há, a princípio, prescrição a ser alegada. Ainda assim, isso não impede a contestação da cobrança com base na desatualização cadastral, que é justamente o ponto central da sua situação.
Resumindo, o caminho é procurar o setor responsável pela Taxa de Licença e Funcionamento na prefeitura, levar as alterações contratuais registradas na JUCEPAR, pedir a atualização ou baixa dos cadastros desatualizados e contestar formalmente as cobranças calculadas com base em endereço e atividade que não correspondem à realidade da empresa em cada período.