Olá Zulmira
No caso da Taxa de Fiscalização de Estabelecimento (TFE), a cobrança não depende de alterações cadastrais — ela é uma taxa anual ou semestral, cobrada pelo município para fiscalização da atividade do estabelecimento.
Verifique a legislação municipal (normalmente o Código Tributário Municipal ou Lei Complementar que instituiu a TFE) para confirmar se a cobrança é anual ou semestral. Caso o município preveja apenas uma cobrança anual, protocole pedido de revisão administrativa junto à prefeitura, apresentando os boletos e solicitando esclarecimentos sobre a duplicidade, mas se a legislação prever cobrança semestral, então ambas as guias são devidas, mesmo sem alteração cadastral.
Espero ter Ajudado.