Olá Amanda
Sistema não permite emitir notas retroativas, nesse caso, precisa emitir daqui para frente, e justificar as anteriores na contabilidade.
A nota é emitida pelo valor integral, pois nesse caso, ao contratar o MEI ele se torna uma despesas na prestação de serviço dessa transportadora, e as Notas emitidas dos MEIs, justificam o pagamento dessa despesas.
Espero ter ajudado.