Olá Tayná
Sim, é obrigatória. Mesmo que seu cliente atue apenas como subcontratado de transportadoras. Se a transportadora exige que o CTe saia em nome dela, o seu cliente pode figurar no campo de subcontratação no CTe e ainda assim precisa emitir NF de serviços prestados à transportadora. Caso contrário, corre risco de sonegação fiscal.
A redução pode estar na presunção de lucro aplicada ao setor de transportes, pois existe a presunção reduzida no Lucro Presumido para transporte de cargas, mas não é a alíquota de 20%. Por isso, recomendo verificar se existe alguma legislação Estadual que permita essa redução.
O motivo do Desenquadramento você encontra no portal do Ecac:
Clique em: "Consulta – Opção pelo Simples Nacional"
Informe o CNPJ da empresa.
Verifique a tabela com a situação da empresa.
Caso conste "Desenquadrado", clique para ver o motivo (motivo legal) e a data de efeito.
Espero ter ajudado.