Olá Juan, bom dia.
Se a empresa optou pelo regime de competência, deve-se usar o faturamento como base para o cálculo do Simples Nacional, se optou pelo regime de Caixa, deve-se usar os valores recebidos naquele mês.
Diante a situação que foi exemplificada, se a empresa X faturou o valor todo do contrato então o imposto foi calculado certo. Se a empresa não recebeu conforme a nota fiscal, então está errado.
Espero ter ajudado.