Bom dia Sheila, tudo bem?
Sim, o órgão público pode fazer a retenção do IR ao fazer o pagamento da nota fiscal.
Base legal: Art. 64 da Lei nº 9.430/1996
Instrução Normativa RFB nº 1.234/2012
Decisão do STF – Tema 1130 (RE 1.293.453/RS)
Instrução Normativa RFB nº 2.145/2023
Com base na minha experiência por já ter atendido empresas do LP que prestavam serviços para órgãos públicos, eu entendo que os impostos retidos podem ser abatidos no momento da apuração. Incluindo o IPRJ.
Base Legal: Art. 46 da Lei nº 8.541/1992
Art. 745 do RIR/2018 (Decreto nº 9.580/2018)
Os créditos dos impostos retidos devem estar lançados corretamente na contabilidade, para que haja o aproveitamento. E deve estar demonstrado na ECF.
Eu recomendo que você faça um consultoria tributária, se ainda ficou alguma dúvida.
Espero ter ajudado.