Olá Cristiane
Na venda de sucata realizada dentro do Estado de São Paulo, quando a operação estiver amparada pelo benefício do diferimento do ICMS, o procedimento correto é utilizar o CFOP 5.102 ou 5.101, se a sucata for de produção do próprio estabelecimento, com CST ICMS 51 (diferimento), sem destaque do ICMS na nota fiscal, devendo constar nos dados adicionais a observação do diferimento. O regime de tributação do IRPJ (Lucro Presumido) não altera o tratamento do ICMS nessa operação.
Espero ter ajudado.