Bom dia, Graziela,
Essa é uma dúvida bem pertinente, porque o novo layout da NFS-e com os campos de IBS e CBS ainda está gerando bastante inconsistência entre os prestadores, exatamente pelo momento de transição em que estamos.
Respondendo diretamente a sua pergunta: a exclusão de PIS, COFINS e ISS da base de cálculo do IBS e da CBS não depende de haver retenção desses tributos na operação. A retenção na fonte é apenas um mecanismo de arrecadação, ou seja, define quem vai recolher o tributo (o tomador, no caso de retenção, ou o próprio prestador, quando não há retenção). Isso não tem relação com a composição da base de cálculo do IBS e da CBS. O que a Lei Complementar 214 de 2025 estabelece, no dispositivo que trata da base de cálculo desses novos tributos, é que ISS, ICMS, PIS, COFINS e IPI não integram a base sobre a qual incidem IBS e CBS, independentemente de como esses tributos estejam sendo recolhidos naquela operação especifica.
Na prática isso significa o seguinte: se o serviço prestado está sujeito a ISS, PIS e COFINS, o valor desses tributos deveria ser excluido da base de calculo do IBS e da CBS mesmo quando o tomador não retém esses valores na fonte e quem recolhe é o proprio prestador diretamente. O fato de não haver retenção não muda a natureza do tributo nem o fato de ele incidir sobre aquela operação, e por isso a exclusão deveria acontecer do mesmo jeito.
O que provavelmente está acontecendo nas notas que você está analisando é uma falha ou uma inconsistência no preenchimento por parte do sistema emissor de cada prestador. Como estamos no inicio da fase de testes da reforma tributaria em 2026, muitos softwares de emissão de NFS-e ainda estão sendo ajustados as orientações técnicas do Comitê Gestor do IBS e da Receita Federal, e isso gera esse tipo de divergência que você percebeu, onde alguns prestadores só preenchem o campo de exclusões quando há retenção, e outros preenchem mesmo sem retenção, e outros ainda deixam de preencher mesmo quando deveriam. Isso não significa necessariamente que a operação em si esteja errada do ponto de vista tributário, mas sim que o preenchimento do documento fiscal está sendo feito de forma equivocada ou incompleta por quem emite a nota.
Vale lembrar que esse tema ainda está em desenvolvimento, já que o Comitê Gestor do IBS continua publicando notas técnicas e atos complementares sobre o preenchimento correto dos campos da NFS-e relacionados ao IBS e a CBS, então é importante acompanhar as atualizações no site comitegestor.gov.br e nos canais oficiais da Receita Federal, porque é possível que ainda surjam esclarecimentos mais detalhados especificamente sobre esse campo de exclusões e reduções da base de calculo.