Boa tarde, Miriam,
Muito obrigado pela pergunta detalhada, ela toca em um ponto que realmente confunde bastante gente que trabalha com contabilidade rural, então vale a pena esclarecer os dois casos com calma, porque a natureza de cada situação é diferente.
Sobre a diferença de 1,63% relacionada à sub-rogação do Funrural, o seu entendimento precisa de um ajuste importante. Essa diferença entre o valor da nota fiscal e o valor do boleto não é um desconto comercial, é uma retenção que a pessoa jurídica adquirente é obrigada a fazer por determinação legal, para recolher a contribuição previdenciária rural em nome do produtor. Isso significa que o valor da operação, para todos os efeitos fiscais, continua sendo o valor cheio negociado entre as partes, e não o valor líquido que efetivamente chega até você depois da retenção. Por esse motivo, não é correto lançar essa diferença no campo Desconto da nota fiscal. Se você fizer isso, estará reduzindo indevidamente a base de cálculo da operação, e consequentemente a base sobre a qual o IBS e a CBS incidem, quando na verdade a base real da venda não mudou, apenas a forma de pagamento foi dividida entre o valor que vai para o seu bolso e o valor que o adquirente recolhe diretamente ao INSS em seu nome. O comprovante de retenção que o adquirente fornece serve para você utilizar posteriormente, conforme o seu regime, para fins de dedução ou compensação da contribuição previdenciária, mas isso é um evento financeiro e previdenciário separado, que não deve interferir no valor declarado na nota fiscal nem na base tributável do IBS e da CBS. Emitir Nota de Crédito para tentar corrigir esse valor também não seria adequado, justamente porque não houve uma redução real do preço da mercadoria, apenas uma retenção sobre o pagamento, e como você mesma percebeu, isso acabaria alterando de forma incorreta o débito do seu cliente, que efetivamente deve pelo valor total da operação, ainda que parte desse valor seja direcionada ao recolhimento previdenciário em vez de ser paga diretamente a você. Vale destacar que essa lógica da sub-rogação do Funrural já é consolidada independentemente da reforma tributária, mas os detalhes de como esse tipo de retenção vai conviver operacionalmente com os novos campos de IBS e CBS na nota fiscal ainda estão sendo regulamentados pelo Comitê Gestor do IBS e pela Receita Federal, então é sempre bom acompanhar as notas técnicas específicas para o agronegócio antes de consolidar o procedimento na sua rotina.
Já a situação da quebra na Ceasa é bem diferente, porque ali existe uma alteração real no valor da operação. Quando a mercadoria chega ao destino e o preço de mercado sofreu variação para menos em relação ao que foi originalmente negociado, o valor efetivamente recebido pelo produtor é menor mesmo, não se trata apenas de uma retenção sobre o pagamento, e sim de uma redução genuína do preço da venda. Nesse caso, sim, faz sentido utilizar um mecanismo de ajuste que reduza o débito e corrija o crédito do seu cliente, refletindo o valor real que foi efetivamente praticado na operação. O uso da Nota de Crédito com a opção de redução de valor é, em princípio, o caminho coerente para esse tipo de ajuste, já que existe agora, dentro do novo sistema nacional de documentos fiscais eletrônicos, um instrumento pensado justamente para tratar reduções de valor sem a necessidade de cancelar e reemitir a nota original. Ainda assim, como esse mecanismo está em fase de implementação dentro da transição da reforma tributária, os detalhes operacionais de como ele deve ser preenchido e vinculado à nota original, principalmente em operações do agronegócio com produtor rural, podem variar conforme as orientações técnicas que ainda estão sendo consolidadas. Por isso, recomendo que você confirme o procedimento exato no Portal Nacional da NFe e, se possível, também verifique se há alguma orientação complementar do seu Sefaz estadual, já que operações de quebra na Ceasa costumam ter particularidades regionais que valem a pena confirmar antes de padronizar o lançamento no seu sistema.