Bom dia, Larissa
Essa é uma dúvida bem comum em situações de copropriedade, e vale a pena entender como funciona o fluxo correto.
Quando se trata de locação de imóvel em condomínio por fração ideal, cada coproprietário é titular da sua parcela do bem, e é justamente por isso que a emissão da nota fiscal precisa refletir essa realidade jurídica.
A forma mais correta de operacionalizar isso é a seguinte: a empresa emite a nota fiscal de serviço diretamente para o locatário, ou seja, para o lojista, pelo valor total do aluguel. Isso porque, na prática, quem está prestando o serviço de locação ao lojista é o conjunto dos coproprietários, e a empresa pode estar centralizando essa gestão. No entanto, se cada sócio é coproprietário do imóvel de forma individualizada e recebe sua parte diretamente, o ideal é que cada um emita a nota referente à sua fração.
Agora, se a estrutura que vocês adotaram é a de que a empresa faz a intermediação, recebendo o aluguel integralmente do lojista e depois repassando a cada sócio a parte que lhe cabe, então sim, faz sentido o fluxo que você descreveu: a empresa emite nota para o lojista pelo valor cheio, e cada sócio emite nota para a empresa referente ao repasse da sua fração ideal. Nesse caso, os sócios precisarão verificar se emitem como pessoa física, o que pode gerar obrigações de carnê-leão, ou se possuem CNPJ para isso.
Um ponto importante é que a tributação vai depender do regime de cada parte envolvida. Se os sócios receberem como pessoa física, o rendimento entra na base do IRPF. Se houver uma pessoa jurídica envolvida no repasse, entram as regras do regime tributário adotado por ela.
O mais recomendado é alinhar esse fluxo com a realidade contratual do negócio, ou seja, o que diz o contrato de locação, quem figura como locador, e como está registrada a propriedade do imóvel. Esses elementos é que vão definir, com precisão, quem deve emitir o quê e para quem.