Bom dia, Bruna,
A sua dúvida é bastante pertinente e toca em um ponto que gera bastante confusão na aplicação prática da Reforma Tributária, então vou detalhar o raciocínio.
A exclusão prevista no artigo 12, parágrafo 2º, inciso II da Lei Complementar 214/2025 segue a mesma lógica que já existia para o ICMS, prevista no artigo 155, parágrafo 2º, inciso XI da Constituição Federal. Essa regra constitucional determina que o IPI não compõe a base do ICMS apenas quando a operação for realizada entre contribuintes, o produto for destinado à industrialização ou à comercialização, e a própria operação configurar fato gerador dos dois impostos ao mesmo tempo. Ou seja, a exclusão está amarrada à operação específica em que o IPI é destacado, e não a um rastreamento histórico do custo ao longo da cadeia.
Aplicando esse mesmo raciocínio ao IBS e à CBS, a exclusão do IPI da base de cálculo ocorre no momento em que a indústria ou o equiparado emite a nota fiscal com destaque de IPI para o adquirente. É nessa operação, e só nela, que existe um montante de IPI identificável a ser retirado da base de cálculo do IBS e da CBS.
No seu caso, quando você revende a mercadoria sem destacar IPI, porque não é indústria nem equiparado, a operação de saída não é fato gerador de IPI. Não existe, portanto, um montante de IPI na sua operação de venda para ser excluído. O valor que você pagou de IPI na compra já deixou de ser um tributo destacável e passou a compor o seu custo de aquisição, exatamente como aconteceria com qualquer outro custo. Quando você forma o seu preço de venda, esse custo embutido integra o valor da operação normalmente, e sobre ele incidirão IBS e CBS sem direito a exclusão.
Isso significa que o entendimento que você descreveu não se confirma. Não é possível excluir da base de cálculo do IBS e da CBS o valor de IPI que ficou embutido no seu custo de aquisição, justamente porque a exclusão do parágrafo 2º, inciso II, é vinculada à ocorrência do fato gerador do IPI na própria operação, e não à origem histórica do custo do produto.
Vale registrar onde efetivamente ocorre o benefício da exclusão nessa cadeia. Quando a indústria vendeu para você com destaque de IPI, a base de cálculo do IBS e da CBS cobrados por ela já foi calculada excluindo o valor do IPI, conforme determina a própria lei complementar. O crédito de IBS e CBS que você aproveita como adquirente já reflete essa exclusão, porque foi calculado sobre uma base menor. O efeito da não cumulatividade do IBS e da CBS acontece através do sistema de créditos, e não através de uma exclusão repetida em cada elo da cadeia.
Sobre o ponto que você mencionou em relação à substituição tributária, é importante não presumir que o mesmo tratamento se aplique automaticamente. A Lei Complementar 214/2025 não estende, ao menos não de forma que eu tenha certeza da existência de dispositivo equivalente, a mesma exclusão para valores de ICMS-ST embutidos no preço de revenda. Recomendo que você verifique com atenção o texto integral da lei complementar e os regulamentos infralegais para confirmar se existe previsão específica nesse sentido, porque tratar os dois casos da mesma forma sem essa confirmação pode levar a um erro de interpretação.
Por fim, como estamos falando de uma matéria em fase de regulamentação, com diversos pontos operacionais ainda pendentes de definição pelo Comitê Gestor do IBS e pela Receita Federal, recomendo acompanhar as publicações do comitegestor.gov.br e do Portal Nacional da NF-e para eventuais esclarecimentos adicionais sobre a formação da base de cálculo nessas situações de revenda com IPI embutido no custo.
Como não tenho acesso a busca na internet nem a uma base de dados jurídica em tempo real, é possível que eu tenha cometido algum erro na citação dos dispositivos legais. Recomendo conferir o texto exato dos artigos citados antes de utilizar essa resposta em qualquer trabalho formal.