Bom dia, Charles
Vamos por partes, porque a pergunta envolve algumas camadas que merecem atenção separada.
A relação entre IPI e IS na ZFM e na ALC
Primeiro, um ponto importante de alinhamento: IPI e IS não são excludentes por natureza, mas na prática, quando o produto é fabricado dentro da Zona Franca de Manaus (ZFM) ou de uma Área de Livre Comércio (ALC) e sai desses territórios para o restante do país, a legislação garante isenção de IPI. Isso não significa, porém, que o IS deixa automaticamente de existir. O IS (Imposto Seletivo) incide sobre bens e serviços considerados prejudiciais à saúde ou ao meio ambiente, independentemente de onde o produto foi fabricado. Então, se o produto está na lista de incidência do IS, ele pode ser tributado pelo IS mesmo tendo isenção de IPI. Os dois impostos têm bases e lógicas diferentes.
Quando há isenção de IPI na saída da ZFM ou da ALC
A isenção de IPI para produtos que saem da ZFM e das ALCs com destino ao restante do território nacional se aplica quando o produto é fabricado nessas regiões. A lógica por trás disso é de incentivo ao desenvolvimento regional. A legislação estabelece essa isenção justamente para que os produtos fabricados lá consigam competir no mercado nacional sem a desvantagem tributária do IPI.
O conceito de "similar" e o que ele significa na prática
Aqui está o ponto que gerou mais dúvida na sua pergunta, e faz sentido, porque é onde a maioria erra.
O conceito de "similar nacional" na ZFM funciona de forma inversa ao que você descreveu. Quando existe um produto similar ao estrangeiro fabricado dentro da ZFM, o produto importado perde o benefício, não o nacional. Mas vou explicar também o raciocínio que você levantou sobre similitude entre produtos.
Quando a lei fala em produto similar, ela está se referindo à semelhança funcional e técnica do produto, não à marca. Dois produtos são considerados similares quando têm a mesma finalidade, características técnicas equivalentes e podem se substituir no mercado. Então, usando o seu exemplo da caneta BIC: se a ZFM fabrica canetas esferográficas comuns, qualquer caneta esferográfica comum de qualquer marca é considerada similar a esse produto fabricado lá. A marca é irrelevante para essa análise. O que importa é a natureza do produto, sua classificação fiscal (NCM) e suas características técnicas e funcionais.
Portanto, não é necessário ser da mesma marca. A análise de similaridade leva em conta principalmente a classificação na NCM, as características técnicas do produto e a possibilidade de substituição no mercado.
Resumindo de forma prática
Para saber se um produto tem ou não IPI quando sai da ZFM ou de uma ALC, a pergunta a se fazer é: esse produto foi efetivamente fabricado nessa região? Se sim, a saída para o restante do país tem isenção de IPI, independente da marca.
Para o IS, a pergunta é diferente: esse produto está na lista de incidência do Imposto Seletivo? Se estiver, o IS pode incidir mesmo com a isenção de IPI, porque são tributos distintos com hipóteses de incidência próprias.
E sobre a similaridade, lembre-se: o critério é funcional e técnico, a marca não entra nessa equação.