Bom dia, Silmara,
A situação que você descreveu está correta, e é bem comum para quem já é cliente de operadoras de telecomunicações, TV por assinatura ou internet.
O que acontece é o seguinte: a NFCOM, modelo 62, instituída pelo Ajuste SINIEF 07/2022, é o documento fiscal eletrônico que substituiu os antigos modelos 21 e 22 para registrar a prestação de serviços de comunicação propriamente dita, como o fornecimento de internet, telefonia, dados e sinal de TV. Esse serviço está sujeito ao ICMS, de competência estadual, com base na Lei Kandir (LC 87/1996, artigo 2º, inciso III).
Já a instalação, que envolve o deslocamento de um técnico até o endereço do cliente para configurar o modem, roteador, decodificador ou qualquer outro equipamento, não é considerada parte do serviço de comunicação em si, mas sim um serviço acessório e preparatório. Esse tipo de atividade está previsto na lista de serviços da LC 116/2003, no item 14.06, que trata de instalação e montagem de aparelhos e equipamentos, e por isso se sujeita ao ISS, de competência municipal. É praticamente o mesmo raciocínio que fundamenta a Súmula 350 do STJ, que trata da habilitação de aparelho celular como atividade que não se sujeita ao ICMS justamente por não configurar, ela mesma, o serviço de comunicação.
Como são fatos geradores distintos, ligados a competências tributárias diferentes, cada um precisa ter seu próprio documento fiscal. A NFCOM documenta a prestação do serviço de comunicação, e a NFS-e documenta o serviço de instalação prestado pela mão de obra técnica. O fato de o valor da instalação aparecer discriminado dentro da fatura consolidada que você recebe não muda essa exigência, porque essa fatura, no fim das contas, é um documento comercial de cobrança que reúne os valores de ambos os serviços para facilitar o pagamento, mas por trás dela existem dois documentos fiscais autônomos amparando cada tipo de receita.
Então sim, a emissão da NFS-e é devida, e o correto mesmo é você ter recebido os dois documentos separadamente, cada um refletindo a tributação que lhe é própria, ICMS na NFCOM e ISS na NFS-e. Vale lembrar que o enquadramento exato do serviço de instalação na lista de serviços pode variar um pouco conforme a legislação do município da operadora, então em caso de dúvida específica sobre a alíquota ou o item aplicado, o ideal é verificar a lei municipal do ISS correspondente.