Bom dia, Beatriz,
Vou explicar direitinho essa diferença, porque ela é importante tanto para o controle financeiro quanto para o registro contábil correto.
A nota de débito de juros e multa é exatamente o que você descreveu: é o documento usado para formalizar a cobrança de encargos financeiros sobre o cliente que atrasou o pagamento de uma duplicata ou título. Ela não é uma nova venda nem uma nova prestação de serviço, e sim um encargo decorrente do inadimplemento contratual. Por isso, em regra, sobre esses valores de juros e multa moratória não incide ICMS, IPI ou ISS, já que a natureza é financeira e indenizatória, não uma contraprestação de mercadoria ou serviço. Pode existir, dependendo do regime tributário da empresa, incidência de PIS, COFINS, IRPJ e CSLL sobre essa receita financeira, já que ela compõe o resultado ou a receita bruta conforme o enquadramento.
Já a nota de crédito segue a lógica contrária: ela é usada quando a empresa concede algum desconto ou abatimento ao cliente depois que a nota fiscal já foi emitida, como um desconto financeiro por pagamento antecipado, uma correção de valor cobrado a maior, ou um abatimento sobre a duplicata. Ela reduz o valor que o cliente tem a pagar.
Sobre a sua segunda pergunta, sim, é perfeitamente possível emitir uma única nota de débito consolidada no fim do mês, reunindo os juros e multas referentes a diversos títulos vencidos do mesmo cliente. Não existe exigência legal de emitir um documento separado para cada ocorrência. O que precisa existir é rastreabilidade e comprovação do cálculo, ou seja, a nota consolidada deve identificar claramente cada título a que se refere, com o número da nota fiscal original, o número do título ou duplicata, a data de vencimento, os dias de atraso e a taxa aplicada para o cálculo dos juros e da multa. Isso é importante tanto para o cliente conseguir conferir os valores quanto para dar suporte ao lançamento contábil da empresa.
Vale lembrar também que a nota de débito não é um documento fiscal eletrônico como a NF-e ou a NFS-e. Ela funciona como um documento comercial e contábil de controle e cobrança, servindo de base para o registro contábil da receita financeira. O lançamento contábil, esse sim, deve seguir o regime de competência, reconhecendo a receita no período em que ela é gerada, e normalmente é feito assim:
Débito em Clientes ou Duplicatas a Receber, e crédito em uma conta de resultado, como Juros Ativos ou Receita de Multas.