Sim, em regra, a nota de débito referente a multa e juros por atraso deve ser emitida mesmo quando o item da operação original está sujeito à alíquota reduzida a 0,00% para IBS/CBS. A lógica da nova sistemática é a seguinte:
Por que a emissão continua obrigatória
A obrigação de emitir a nota de débito não decorre do valor do imposto a recolher, mas do fato de que os encargos moratórios (multa e juros) integram a base de cálculo do IBS/CBS por estarem vinculados à operação original, nos termos do art. 12, §1º, II, da LC 214/2025, e não porque configuram, isoladamente, um novo fato gerador. A Cartilha Orientativa do IBS prevê a emissão de nota fiscal de débito do tipo "04 – Multa e Juros" pelo fornecedor sempre que houver recebimento de acréscimos moratórios decorrentes de pagamento em atraso, com a finalidade de complementar a base de cálculo do respectivo fornecimento. Essa regra não abre exceção para itens com alíquota zero, o gatilho é o recebimento do encargo, não o valor do tributo resultante.
Classificação tributária a ser usada
O ponto central da sua pergunta está aqui: a nota de débito deve utilizar a mesma classificação tributária da nota fiscal original, já que multa e juros são tratados como ajuste do valor da própria operação, e não é permitido consolidar valores de clientes ou notas diferentes em um único documento.
Ou seja: se o item original está classificado com cClassTrib de alíquota zero, a nota de débito deve "herdar" essa mesma classificação. Na prática, isso significa que:
A nota é emitida normalmente, referenciando a NF-e original;
O campo de alíquota e o valor do tributo destacado serão zero, refletindo a mesma condição do item;
Mesmo com valor de imposto igual a zero, o documento continua tendo função de rastreabilidade e de composição da apuração assistida perante o Comitê Gestor do IBS/CBS.
Base normativa/documental
O Regulamento da CBS e do IBS trata as multas e juros incidentes sobre operações geradoras de receita como hipótese de emissão de Nota de Débito, nos termos do art. 12, §1º, II, e veda a inclusão de tributos extintos (ICMS, ISS, PIS, COFINS) nesses documentos, conforme regulamentação prevista no Decreto nº 12.955/2026.
O próprio leiaute nacional já contempla especificamente o tratamento de operações com alíquota zero (como o campo "indZFMALC" para CBS na Zona Franca de Manaus), o que reforça que a sistemática foi desenhada para registrar esse tipo de situação, e não para dispensar o documento.
Ponto de atenção prático
Como a regulamentação (Notas Técnicas do CGNFS-e/RTC, Cartilhas do Comitê Gestor) ainda está em fase de consolidação em 2026, vale conferir a versão mais recente da Cartilha Orientativa do IBS (item 2.4) e da Nota Técnica 2025.002 vigente no momento da emissão, pois detalhes operacionais (como preenchimento do cClassTrib nesses casos específicos de acréscimo sobre item de alíquota zero) ainda vêm sendo ajustados pelo Comitê Gestor.