Não. A regra mencionada serve para empresas e fundos que compram serviços de autônomos, não para o profissional autônomo comum que presta serviços para uma transportadora.
Para entender a distinção:
Para quem é a regra? Aplica-se a pessoas físicas que comercializam bens ou serviços diretamente a consumidores finais ou que realizam operações específicas onde a lei exigirá a inscrição em um "CNPJ simplificado" apenas para fins de débito e crédito tributário, mantendo a tributação como Pessoa Física.
Caso do Motorista Autônomo: Profissionais liberais e autônomos que prestam serviços de transporte para tomadores estabelecidos (como transportadoras ou empresas) continuam utilizando o seu CPF. A transportadora (Pessoa Jurídica) é quem emite a nota fiscal de entrada ou exige o RPA (Recibo de Pagamento a Autônomo), cuidando da retenção de impostos.
Se o caminhoneiro quiser formalizar e emitir suas próprias notas fiscais para ter mais segurança jurídica, ele pode se enquadrar como MEI (Microempreendedor Individual) ou Empresário Individual. Essa transição para Pessoa Jurídica não é automática; a regra que você citou visa apenas organizar transações de pessoas físicas que geram créditos ou débitos de CBS/IBS na Reforma Tributária