Boa tarde, Ludimilla,
Essa é uma dúvida bem específica e vale a pena separar os dois pontos: a natureza da operação em si e depois o código cClassTrib propriamente dito.
Sobre a natureza da operação, a remessa para formação de lote de exportação classificada no CFOP 5504 não deve ser entendida como uma transferência entre estabelecimentos do mesmo titular. A transferência entre estabelecimentos, no sentido técnico do termo, ocorre quando a mercadoria sai de um estabelecimento e entra em outro estabelecimento pertencente ao mesmo contribuinte, ou seja, mesma raiz de CNPJ, ainda que com filiais diferentes. Já na formação de lote de exportação, o destino normalmente é um terceiro, como um armazém, um recinto alfandegado, um porto seco ou uma trading company, que vai reunir mercadorias de diferentes remetentes ou de diferentes remessas do mesmo remetente até formar o volume necessário para o embarque. Mesmo quando o nome que consta como destinatário na nota fiscal é o próprio armazém ou a própria empresa exportadora, isso não transforma a operação em uma transferência patrimonial entre estabelecimentos, porque não há mudança de titularidade da mercadoria nesse momento, apenas um deslocamento físico com finalidade de consolidação de carga para posterior exportação. Essa operação tem tratamento próprio desde o Ajuste SINIEF 07/2011, que disciplina justamente essa figura de remessa para formação de lote, garantindo que a mercadoria já saia amparada pela não incidência de ICMS relacionada à exportação, desde que a exportação efetivamente se concretize dentro do prazo estabelecido e sejam cumpridas as obrigações acessórias de vinculação entre a nota de remessa e a nota de exportação.
Agora, sobre qual cClassTrib especificamente se aplica entre 410999 e 410004, prefiro ser transparente com você: essa é uma classificação que está dentro da tabela de cClassTrib divulgada nas notas técnicas do IBS e da CBS, e a tabela vem passando por ajustes e complementações à medida que o Comitê Gestor do IBS e a Receita Federal publicam novos esclarecimentos. Não tenho segurança suficiente para confirmar qual dos dois códigos é o correto para essa operação específica sem checar a versão mais atual da tabela oficial, e prefiro não arriscar uma resposta que possa induzir você a erro em uma classificação que impacta diretamente a apuração de tributos. O que posso te orientar com segurança é o caminho para confirmar: consulte a tabela de cClassTrib mais recente disponibilizada junto ao Manual de Orientação do Contribuinte da NT 2025.002, disponível no Portal Nacional da NF-e, e cruze com as orientações específicas para operações de exportação e não incidência publicadas no site do Comitê Gestor do IBS, em comitegestor.gov.br. Muitas vezes o próprio software que você utiliza, como Domínio, Alterdata ou Questor, já traz uma tabela auxiliar de cClassTrib associada a cada CFOP, o que pode ajudar a confirmar rapidamente qual código está sendo indicado para o CFOP 5504 na versão mais atual do sistema.