Boa tarde, Christian,
Boa pergunta, e merece uma resposta cuidadosa porque envolve uma distinção importante sobre a natureza jurídica da operação.
A nota de débito, no contexto que você descreveu, serve para formalizar um ressarcimento ou reembolso cobrado da transportadora em razão de materiais que faltaram na entrega. Trata-se, portanto, de uma cobrança por perdas ou danos, e não de uma venda de mercadoria ou prestação de serviço.
Essa distinção é fundamental para definir o tratamento tributário correto.
O IBS e a CBS, instituídos pela Lei Complementar 214/2025 no âmbito da Reforma Tributária, incidem sobre operações com bens e serviços, ou seja, sobre fatos econômicos que configuram circulação de mercadoria, prestação de serviço ou fornecimento de bem imaterial. Uma cobrança de ressarcimento por extravio ou falta de mercadoria não se enquadra nesse conceito: não há saída de bem, não há prestação de serviço, não há fato gerador do IBS ou da CBS. O mesmo raciocínio já se aplicava ao ICMS e ao ISS no regime anterior, e continua válido no novo sistema.
Portanto, a nota de débito emitida para ressarcimento de materiais faltantes na entrega não deve incluir IBS nem CBS, porque a operação não é tributada por esses tributos. A cobrança tem natureza indenizatória ou de recomposição patrimonial.
Vale lembrar, no entanto, que a emissão de nota de débito nesse contexto precisa estar bem fundamentada na documentação que comprova a falta dos materiais: relatórios de conferência, protocolos de recebimento, comunicações com a transportadora e assim por diante. Isso é importante tanto para fins contábeis quanto para eventual questionamento fiscal ou comercial.
Um ponto de atenção adicional: se a sua empresa for do Simples Nacional ou estiver em outro regime que tenha particularidades na emissão de documentos fiscais, vale verificar se há alguma orientação específica do seu estado ou do seu contador sobre o modelo de documento mais adequado para formalizar esse tipo de cobrança, já que a nota de débito não é um documento fiscal padronizado pelo SPED da mesma forma que a NF-e de venda
