Olá Ana Carolina, tudo bem?
Sim. Quando o MEI ultrapassa o limite de faturamento em mais de 20%, o desenquadramento é retroativo a 1º de janeiro do ano em que ocorreu o excesso, sendo necessária a regularização de todo o período (apuração e recolhimento dos tributos como ME).
Quanto ao enquadramento no Simples Nacional, a possibilidade de ficar no Anexo III depende da atividade exercida e do atendimento aos critérios legais. Estando no Anexo III, a carga tributária costuma ser menor em comparação ao Anexo V.
Sobre o pró-labore: mesmo com contabilidade regular, a retirada de pró-labore é obrigatória para o sócio que exerce atividade na empresa, pois há incidência de INSS sobre essa remuneração. A escrituração contábil pode permitir a distribuição de lucros isentos, desde que haja lucro apurado, mas isso não substitui o pró-labore.
Espero ter ajudado.