Olá Beatriz, tudo bem?
Sim. Em regra, se houve recolhimento indevido ou a maior por falta de segregação das receitas sujeitas à tributação monofásica de PIS/Cofins e do ICMS-ST no PGDAS-D, ainda é possível revisar as apurações, retificar as declarações e pleitear a restituição ou a compensação dos valores, observando o prazo prescricional de cinco anos, contado do pagamento indevido.
A entrada em vigor da Reforma Tributária não retira esse direito em relação às competências anteriores. As alterações promovidas pela reforma produzem efeitos para o novo regime de tributação, mas não impedem a revisão de períodos em que vigorava a legislação antiga. Assim, os fatos geradores ocorridos antes da transição continuam sendo analisados conforme as regras vigentes à época.
Espero ter ajudado