Olá Josiane, boa noite.
Sua linha de raciocínio está correta.
Quanto à natureza jurídica, as opções mais comuns é a*Sociedade Limitada Unipessoal (SLU)*, que oferece a vantagem de separar o patrimônio pessoal do empresarial,
A inscrição municipal deve ser feita na cidade onde a empresa estará sediada, e o ISS será pago através do DAS. Verifique se a clínica onde a nutricionista prestará serviços é substituta tributária do ISS, é como funciona a prestação de serviço para sediados de outro município, alguns lugares é necessário ter inscrição municipal e paga ISS para essa município diretamente.
Espero ter ajudado!