Olá Tamiris
Mesmo que esses R$ 400 mil tenham ingressado via programa de benefícios corporativos (tipo PegPag / PicPay Benefícios), o ponto central é a origem econômica do valor: ele decorre de uma relação contratual de prestação de serviços entre duas pessoas jurídicas.
Segundo o art. 3º da IN RFB nº 1.500/2014, todo acréscimo patrimonial, independentemente da denominação ou forma de recebimento, constitui rendimento tributável quando representa contraprestação por trabalho, serviços ou capital.
Logo, o crédito recebido pela PJ deve ser reconhecido como receita da pessoa jurídica, ainda que não tenha havido emissão imediata de nota fiscal.
Minha recomendação:
Reconhecer contabilmente as receitas omitidas, com base em extratos e comprovantes da plataforma (PegPag, PicPay etc.).
Emitir notas fiscais de ajuste ou complementares, ainda que retroativas, respeitando a competência dos fatos geradores (observando as regras municipais e estaduais).
Apurar e recolher os tributos incidentes conforme o regime da PJ (Simples, Lucro Presumido ou Real).
Após o recolhimento e escrituração, os valores líquidos (após tributação e despesas) passam a integrar o lucro líquido do exercício, e podem então ser distribuídos ao sócio como lucros isentos.
Espero ter ajudado.