Boa tarde!
De forma geral, a não tributação pelo Anexo II (Indústria) do Simples Nacional no caso das farmácias de manipulação baseia-se na jurisprudência já consolidada e na própria legislação tributária federal, que definem a natureza da atividade com base em como o produto é comercializado.
O entendimento decorre, principalmente, da Súmula 156 do STJ e do Decreto nº 7.212/2010 (RIPI), além das diretrizes da Lei Complementar nº 123/2006.
Espero ter ajudado.