Olá José Carlos,
O lucro arbitrado não é propriamente um regime tributário de escolha da empresa, como ocorre com o Lucro Real ou o Lucro Presumido. Trata-se de uma forma excepcional de apuração do IRPJ e da CSLL aplicada quando ocorre alguma das hipóteses previstas na legislação que impedem a apuração normal dos tributos.
O arbitramento pode ocorrer em um ou mais períodos de apuração (trimestres), enquanto persistirem as condições que o justificaram. Portanto, ele não é necessariamente apenas uma transição. Contudo, uma vez regularizada a situação da empresa, a tributação volta a ser realizada pelo regime adequado (Lucro Real ou Lucro Presumido), observadas as regras de enquadramento.
Espero ter ajudado.