Olá Carla, tudo bem?
Se o cliente é revenda de produtos (CNAE de comércio), a venda dos produtos é mercadoria, então vai no cupom fiscal de venda normalmente.
Já a taxa de entrega (frete ou entrega rápida) pode ser considerada prestação de serviço, mesmo que seja cobrada junto com a mercadoria. A depender do tipo de atividade.
Então para fazer a operação corretamente, no meu entendimento:
A taxa de entrega é lançada separadamente, como serviço prestado.
Exemplo: produto vendido → cupom fiscal ou NF-e; taxa de entrega → NFS-e de serviço. E o seu cliente precisará ter um CNAE dessa prestação de serviços.
Porém, se estivermos falando por exemplo, de uma lanchonete que tem aquela taxinha de entrega, você pode verificar no emissor da NFC-e se tem o campo para adicionar a taxa da entrega na própria NFC-e.
Espero ter ajudado!